O CreaJr-ES atualmente é estruturado com uma Sede e 06 Núcleos ativos. 

A Sede do CreaJr-ES é responsável pela elaboração de planos estratégicos, planejamentos, acompanhamento dos Núcleos, e tudo que diz respeito ao CreaJr-ES a nível estadual e nacional. É dividida em Coordenação Estadual, Coordenação Adjunta, e Diretorias de Comunicação, Controladoria, Eventos e Recursos Humanos.

Já os Núcleos são responsáveis pela operação e promoção dos valores e objetivos do CreaJr-ES a nível municipal. São divididos em Coordenadoria Regional, Coordenadoria  Adjunta, e Coordenadorias de Comunicação e Eventos.